Τα πράγματα ήταν δύσκολα για τους πιστούς της Δήμητρας και της Περσεφόνης. Ο θρίαμβος του χριστιανισμού απ’ άκρου εις άκρον της αυτοκρατορίας είχε οδηγήσει τη φημισμένη πόλη της Ελευσίνας στην παρακμή. Τα πλήθη των μυστών, τα λαμπρά αφιερώματα, οι χάλκινοι ανδριάντες και η γενναιοδωρία των αυτοκρατόρων που συντηρούσε τα ολόλευκα μαρμάρινα μνημεία ήταν μακρινές αναμνήσεις. Ο τελευταίος ιεροφάντης έβλεπε το τέλος να πλησιάζει και προσπάθησε να προειδοποιήσει όσους οπαδούς της αρχαίας θρησκείας είχαν απομείνει.
Σύμφωνα με τον χρησμό που διέσωσε ο φιλόσοφος Ευνάπιος (που είχε μυηθεί στα Μυστήρια από τον τελευταίο ιερέα της Δήμητρας) το ιερό και η Ελλάδα θα καταστρέφονταν. Η θέση του ιεροφάντη θα περνούσε στα χέρια ενός ανθρώπου που δεν είχε το δικαίωμα να γίνει μεγάλος ιερέας γιατί λάτρευε άλλους θεούς και δεν ήταν ούτε πολίτης της Αθήνας ούτε μέλος της γενιάς των Ευμολπιδών (από τους οποίους προέρχονταν παραδοσιακά όλοι οι ιεροφάντες εδώ και αιώνες). Δεν πέρασε πολύς καιρός και οι κάτοικοι της Ελευσίνας είδαν όλες αυτές τις τρομακτικές προφητείες να πραγματοποιούνται. Μετά τον θάνατο του τελευταίου νόμιμου ιεροφάντη (και προφήτη), η θέση καταλήφθηκε από έναν ιερέα του Μίθρα από τις Θεσπιές και λίγο καιρό αργότερα (το 396 μ.Χ.) οι Βησιγότθοι του Αλάριχου ισοπέδωσαν το ιερό και έκαψαν την πόλη.
Λεφτά δεν υπάρχουν
Μετά την αποχώρηση των Βησιγότθων, η Ελευσίνα γλίστρησε σιγά σιγά στην αφάνεια και τα ερείπια κατοικιών και ιερών εγκαταλείφθηκαν στην τύχη τους. Δεν υπήρχε πλέον αυτοκρατορικό ενδιαφέρον ώστε να προσφερθούν οι οικονομικοί πόροι για την αποκατάσταση των ζημιών ενώ και ο αριθμός των πιστών είχε μειωθεί δραματικά. Αν όμως οι ισχυροί και οι ξένοι ξέχασαν το αλλοτινό υπέρλαμπρο Τελεστήριο, υπήρχαν και οι ντόπιοι Ελευσίνιοι που αγαπούσαν τον τόπο τους και έπρεπε κάπως να ανοικοδομήσουν τις ζωές τους. Μόνο που τώρα η ευλάβεια και η θρησκευτική πίστη στράφηκαν προς νέες κατευθύνσεις.
Η πρώτη (;) εκκλησία της Ελευσίνας
Η πιο προφανής αλλαγή στο αστικό τοπίο της Ελευσίνας ήταν η εμφάνιση εκκλησιών σε διάφορα σημεία της πόλης. Το ερειπωμένο ιερό της Δήμητρας αποτελούσε ιδανική πηγή έτοιμου οικοδομικού υλικού. Τα καλοδουλεμένα μάρμαρα άρχισαν να μεταφέρονται σε άλλα σημεία της Ελευσίνας και να χρησιμοποιούνται για την κατασκευή νέων δημόσιων και ιδιωτικών κτιρίων. Περίπου διακόσια μέτρα από την κεντρική είσοδο του αρχαίου ιερού ανεγέρθηκε μία μικρή βασιλική με δύο νάρθηκες και ξεχωριστό χώρο για το βαπτιστήριο, κτήτορας του οποίου μάλλον είναι ο Αρτεμίσιος που αναφέρεται στην επιγραφή που σώζεται στον χώρο. Ο εξωτερικός νάρθηκας φιλοξενούσε τους κατηχούμενους Ελευσίνιους, οι οποίοι δεν επιτρεπόταν να παρακολουθήσουν τη θεία λειτουργία, μπορούσαν όμως να ακούν τα λεγόμενα. Ανάμεσα στα ερείπια της βασιλικής βρίσκεται και μαρμάρινος θρόνος με πόδια λιονταριού, λείψανο και αυτός κάποιου κτιρίου του αρχαίου ιερού.
Η τύχη του Τριπτόλεμου
Το μικρό μέγεθος της εκκλησίας αποτελεί ίσως ένδειξη της πληθυσμιακής παρακμής της πόλης, ενώ η τοποθεσία της έξω από τον χώρο του Τελεστηρίου ίσως υποδηλώνει πως υπήρχαν ακόμα κάτοικοι που παρέμεναν πιστοί στις αρχαίες θεές (ή ότι ο ναός τους είχε εγκαταλειφθεί πρόσφατα και συνεπώς ο χώρος θεωρούνταν ακόμα μιαρός). Αποτελεί πάντως γεγονός ότι οι χτίστες της παλαιοχριστιανικής βασιλικής χρησιμοποίησαν άφθονους λίθους από το Τελεστήριο. Ανάμεσα στο υλικό που επαναχρησιμοποιήθηκε με αυτόν τον τρόπο ήταν και το περίφημο ανάγλυφο της Ελευσίνας, που απεικονίζει την αποστολή του Τριπτόλεμου. Οι χριστιανοί τοποθέτησαν το γλυπτό με μεγάλη προσοχή στο δάπεδο της εκκλησίας χωρίς να του προκαλέσουν φθορές. Σε αυτή τη θέση παρέμεινε για αιώνες, μέχρι που ανακαλύφθηκε από τον αρχαιολόγο Δημήτρη Φίλιο το 1859.
Άλλαξε ο Μανωλιός κι έβαλε τα ρούχα του αλλιώς
Στα μεταβυζαντινά χρόνια ανεγέρθηκε στα ερείπια της παλαιοχριστιανικής βασιλικής το εκκλησάκι του Αγίου Ζαχαρία, όπου έγινε πάλι εκτενής χρήση σπασμένων αρχαίων μαρμάρων (δεξιά του ψηφιδωτού με τον προφήτη Ζαχαρία πάνω από την κεντρική είσοδο σώζεται η επιγραφή της Νικοστράτης, η οποία είχε μυηθεί στα Μυστήρια). Ο Ζαχαρίας ήταν ιερέας στα Ιεροσόλυμα και πατέρας του Ιωάννη του Βαπτιστή. Στην Ελευσίνα όμως θεωρείται επιπλέον και προστάτης των αρτοποιών. Είναι μία μόνο από τις πολλές διασυνδέσεις με την αρχαία θρησκεία που επιβίωσαν στη βιογραφία και τη λατρεία του συγκεκριμένου αγίου. Είναι εντυπωσιακό πως ο επίσκοπος Νικαίας Θεοφάνης ο Γραπτός αποκαλεί τον Ζαχαρία ιεροφάντωρα, θεοφάντωρα και ιερομύστη, τίτλοι που θυμίζουν έντονα το λεξιλόγιο και τους τίτλους των ιερέων της Δήμητρας. Η φορητή εικόνα του αγίου χρονολογείται στα 1912 ενώ η μνήμη του τιμάται με ευλάβεια στις 5 Σεπτεμβρίου.
Το όνειρο
Το εκκλησάκι του Αγίου Ζαχαρία έπαιξε σημαντικό ρόλο στη νεότερη ιστορία της Ελευσίνας. Ήταν το μόνο κτίριο του χωριού που γλίτωσε την ολοκληρωτική καταστροφή στα χρόνια της Ελληνικής Επανάστασης. Δίπλα στον ναό λειτούργησε το πρώτο δημοτικό σχολείο αρρένων (δεν σώζεται) και οι μαθητές χρησιμοποιούσαν την εκκλησία ως χώρο συνάντησης. Κάποια στιγμή, τρεις μαθητές είδαν στον ύπνο τους τον Άγιο Ζαχαρία να στέκεται στην αυλή του σχολείου με το Ευαγγέλιο στα χέρια και να τους λέει πως εδώ ήταν το σπίτι του. Οι κάτοικοι της Ελευσίνας προχώρησαν αμέσως στον καθαρισμό της εκκλησίας και ξεκίνησαν πάλι οι λειτουργίες, αν και στα χρόνια των μεγάλων ανασκαφών ο ευρύτερος χώρος του ναού μετατράπηκε σε χώρο φύλαξης των αρχαιολογικών ευρημάτων. Σήμερα, το εκκλησάκι του Αγίου Ζαχαρία αποτελεί πολύτιμη κιβωτό μνήμης όπου αντικατοπτρίζεται ολόκληρη η μακραίωνη ιστορία της Ελευσίνας.